דוח מבקר המדינה מציג תמונת אזהרה חריפה: עיכובים, חוסר תיאום והיעדר לוחות זמנים מחייבים עלולים לגרום למשק הפסדים של עשרות מיליארדי שקלים. המבקר מזהה פיצול אחריות בין משרד התחבורה, האוצר, נת"ע והרשויות המקומיות, מה שמוביל לכפילויות, קיבעון וטעויות חוזרות בשטח.
הדוח ממליץ להקים גוף פיקוח בין-משרדי עם סמכות אכיפה, לפרסם תרחישי סיכון מעודכנים ולחייב שקיפות מלאה של לוחות זמנים ותזרימי תקציב. הוא מציין מקרים שבהם חפירות נעצרו כי העתקת תשתיות מים או חשמל התעכבה, או כי תוואי תחנות לא הוסכם בין עיריות סמוכות. כל עצירה כזו מגדילה עלויות ומרחיקה את הציבור מהפתרון שהוא מחכה לו.
ממד נוסף הוא התקציב: עליית מחירי פלדה, צמנט וציוד מנהור יצרה חריגות כבר בשלבים מוקדמים. המבקר קורא לקבוע תקרה תקציבית לכל חבילת ביצוע, להוסיף רזרבה ייעודית למצבי חירום, ולהכניס מנגנוני בונוסים וקנסות ברורים לקבלנים. בלי זאת, ההסתברות לחריגה מצטברת תעלה משמעותית.
הדוח דורש גם שיפור בתקשורת עם הציבור: פרסום דו"חות התקדמות רבעוניים, הפצת מפות עבודות דיגיטליות ומתן פתרונות תחבורה חלופיים בעת חסימות. מהלך זה נועד לצמצם התנגדויות ולשמור על אמון. המבקר מדגיש שאמון ציבורי הוא משאב קריטי—ברגע שהוא נשחק, התמיכה בהיטלי מימון ובשיתופי פעולה עירוניים עלולה להיעלם.
נת"ע השיבה כי חלק מהנתונים בדוח התיישנו, וכי כבר הוחלפו מנהלים והוקמו צוותי בקרה דיגיטליים. עם זאת, היא מודה שיש להאיץ רכש TBM, להרחיב את הצוותים המכשירים ולשלב מנגנוני בקרה חדשים. מבחן האמת יהיה ביכולת לשמור על קצב חפירה, לעמוד באבני דרך ולספק תחנות בזמן. המסר המרכזי: הפרויקט עדיין ניתן להצלה, אך נדרש שינוי ניהולי עמוק כדי להימנע מהפסדים עצומים.