נת"ע תקים מינהלות מטרו ייעודיות בעשר רשויות מקומיות בגוש דן: אור יהודה, בני ברק, בת ים, גבעת שמואל, גבעתיים, חולון, פתח תקווה, קריית אונו, ראשון לציון ורמת גן.
המינהלות יפעלו כזרועות מקצועיות של נת"ע בתוך העיריות, ויאגדו תחת קורת גג אחת את תחומי ההנדסה, התפעול, התנועה והפיקוח הנדרשים לליווי העבודות. ראשי הערים יבחרו את אנשי המקצוע, והמינויים יאושרו על ידי נת"ע.
משרד התחבורה יממן את המהלך בהיקף של 40 מיליון שקל לאורך חמש שנים. המהלך תואם את מדיניות המשרד להאציל סמכויות לרשויות המקומיות, ומטרתו לקצר תהליכי אישור ולשפר את התיאום מול התושבים בזמן שהעבודות יתרחבו ברחבי המטרופולין.
פרויקט המטרו, שעלותו הכוללת מוערכת בכ-180 מיליארד שקל, יחצה 24 רשויות מקומיות – ולכן שיתוף פעולה הדוק עם העיריות נחשב לאחד התנאים המרכזיים להצלחתו.